お世話になります。6ヶ月になる娘のことでご相談です。

最初の経過：
9月初旬（5ヶ月とちょっとのとき）に首の後ろから始まったぼつぼつが顔、首、ひじや手首のくびれ、胸などに広がり、特に顔は一面真っ赤になりました。最初はあせもと思って放っておいたのですが顔に拡がった時点で小児科に行ったところ、「とびひ」と診断され、抗生物質（塗り薬、飲み薬）を処方されました。なるべく飲ませたくないと思い、漢方薬を塗る方法を本で見つけて塗ってみたところ、娘が痒がって手につけてしまい、それをなめたせいか、激しい下痢が始まってしまいました。。。それで反省して翌日は泣く泣く抗生物質を与えましたが、今まで母乳しか与えてこなかったためスプーンに慣れておらず飲み薬はほとんど飲みませんでした。一方では下痢が治らないため再度小児科に行ったところ、この症状はとびひではなく、乳児湿疹ですね、アレルギーの可能性もありますね、との診断。アンダームを処方されましたが、使いませんでした。下痢は1日10回ぐらいの便が2週間ぐらい続きました。

その後の診断：
その後皮膚科に行き、頭・顔は乳児脂漏性湿疹、体は乳児湿疹と診断され、プロペトを処方されました。しばらくプロペトを塗っていましたが、独自の判断で、美肌水とソンバーユに切り替えました。皮膚科では、乳児脂漏性湿疹が治るのは最大2歳までかかると言われ、ショックを受けました。
下痢については下痢開始から3週目頃に整腸剤（ラックメロン）を2日間与えたところ少し回数が減りました。

現状：
湿疹も下痢も、3週間たった頃から治まってきてはいます。こちらのHPを見てからは湿疹には何も塗らないようにしています。顔はぽつぽつはほとんど消えてきて、おでこの掻き壊しの跡、ほっぺの赤みが残る程度です。便は一日3回ぐらいですが、色が緑色でどろどろで、消化不良なのかと気になるところです。整腸剤は与えていません。

母の状況：
自然分娩、ただし破水時に抗生剤を飲まされました。完全母乳、出産後は牛乳や卵はなるべく摂取していませんが、妊娠中はケーキやアイスはたくさん食べていました。なお、関係あるかどうか分かりませんが、最初のぼつぼつが出る直前に、いつもは控えていた油ものを大量に食べています。

ご相談事項：
上記のとおり現在は湿疹も下痢も治まってきてはいますが、良い便が出てこないと治ったと言えないと思いますし、湿疹と下痢に相関性があるのかな？抗生物質などで腸内がアンバランスなのかな？湿疹・下痢の再発可能性があるかも？と心配なので、今のうちに腸内環境を整えておいた方がいいのではないかと感じています。この点について何かアドバイスありますでしょうか？
乳酸菌だけ購入することも検討しています。その場合、血液型が分からないのでO型を考えています。

アトピーとは違うかもしれませんが、早いうちに環境を整えたほうがいいという気持ちで焦っております。どうぞご回答のほどよろしくお願いいたします。